與其他類型評估工作類似，S基金類評估業(yè)務(wù)同樣存在或多或少的實務(wù)難點，主要表現(xiàn)在報告出具類型、評估方法選擇、基金管理人的超額收益分成（Carry）、子基金穿透難度大、基金未投資部分資金估值等5個方面。
關(guān)于出具評估報告還是估值報告的問題，根據(jù)經(jīng)濟行為判斷是法定還是咨詢性質(zhì)，前者一般出具評估報告，而后者 一般出具估值報告；根據(jù)委托人要求判 斷，比如委托方要求、審計師要求，后者一般因公允價值判斷需要通常出具估值報告；根據(jù)資料收集的情況判斷資料是否滿足資產(chǎn)評估法的要求決定是否出具評估報告。
關(guān)于評估方法的選擇。一般規(guī)模的基金公司采用資產(chǎn)基礎(chǔ)法即可，對于大規(guī)模的基金公司可同時采用收益法、市場法。同時，由于基金公司的價值主要體現(xiàn)在被投資項目價值中，底層項目公司的評估方法選擇顯得尤為重要，評估師在實務(wù)中可參考基金協(xié)會制定的《私 募投資基金非上市股權(quán)投資估值指引（試行）》等相關(guān)操作指引選擇適合的方法，如最近融資價格法、市場乘數(shù)法、行 業(yè)指標法、凈資產(chǎn)法等。同時，評估師在選擇被投項目評估方法時應(yīng)關(guān)注以下因素：相關(guān)法規(guī)、規(guī)章、準則或慣例、評估目的、價值類型或計量目標、行業(yè)性質(zhì)和市場條件、數(shù)據(jù)的質(zhì)量和可靠性、可比公司或可比交易的數(shù)據(jù)、被投企業(yè)的發(fā)展階段、被投企業(yè)創(chuàng)造穩(wěn)定收益和現(xiàn)金流的能力等任何影響投資權(quán)益的價值判斷特有或額外因素。
對于基金管理人的Carry如何考慮，由于基金的分配并沒有統(tǒng)一的比例或方法，具體計算需要參照LPA中詳細的分配說明。一般來講，基金分配需要考慮管理費率、本金返還機制、門檻收益率、超額收益率和剩余收益分配比例。
同時，部分基金選擇以項目為單位進行收益分配，即每當有項目獲得可收入分 配時，基金管理人會在規(guī)定分配期限中進行計算與分配，其他則選擇以基金整 體作為基數(shù)，在年底時以整體的收入和損失作為總量，對各LP進行利潤分配。
就子基金穿透難度大時的處理方式而言，對于子基金下的底層項目，評估人員在實際操作中常常無法獲得足夠的信息或材料，想要完全穿透較為困難。對此，評估師可以對底層項目進行復(fù)核，也可以進行抽樣評估。一些可以輔助復(fù)核的材料包括基金管理人的運營報告、審計報告、投資項目估值報告、財務(wù)決算報告、投資理念及投資備忘錄等。
對于基金未投資部分資金估值的處理方式，當存在“已經(jīng)簽訂了投資協(xié)議或者繳納了投資定金的項目”時，如基金投資人（GP）可以提供未來投資計劃，則按照投資計劃確定投資節(jié)奏，增長率按基金過去幾年表現(xiàn)進行確定。當存 在“正在洽談中的項目或潛在投資意向的項目”時，實務(wù)操作中原則上不建議進 行收益考慮。對于階段性“閑置”的資金，按照賬面值確認。
